Rupert Graf zu Stolberg wurde 1970 in Salzburg geboren und ist in Passau aufgewachsen. Nach dem Abitur studierte er zuerst Medizin, dann Theologie und Philosophie. 2003 wurde er in Freising zum Priester geweiht. Zwei Jahre lang war Graf zu Stolberg Kaplan in St. Michael in München-Perlach. Von 2005-2011 arbeitete er als Erzbischöflicher Sekretär für die Kardinäle Friedrich Wetter (2005-2008) und Reinhard Marx (2008-2011). 2013 ernannte ihn Kardinal Reinhard Marx zum Bischofsvikar für die Seelsorgeregion München. Im Dezember 2016 wurde Rupert Graf zu Stolberg im Münchner Liebfrauendom zum Bischof geweiht. Sein Wahlspruch lautet: „Spiritus virtutis, dilectionis et sobrietatis.“ Er ist aus dem 2. Timotheusbrief (2 Tim 1,7) entlehnt und lautet übersetzt: „Denn Gott hat uns nicht einen Geist der Verzagtheit gegeben, sondern den Geist der Kraft, der Liebe und der Besonnenheit."

Weihbischof Graf zu Stolberg ist Bischofsvikar für die Seelsorgeregion München, Domkapitular und Mitglied der Publizistischen Kommission in der Deutschen Bischofskonferenz.